I procedimenti legali a cui è stato sottoposto non si sono mai chiusi con una condanna. Nel 2003, viene accusato da Igor Marini di aver ricevuto tangenti nell'ambito dell'affare Telekom Serbia insieme a Romano Prodi, Lamberto Dini e altri. Secondo Marini, Fassino era soprannominato cicogna. L'inchiesta della procura della Repubblica di Torino, rilevate false le prove ai danni di Fassino, ha portato in carcere Marini e ha escluso la presenza di tangenti a favore dei politici accusati. A seguito di questa vicenda, Fassino affermò: « Il burattinaio di Igor Marini è a palazzo Chigi e dovrà rispondere anche lui.» A causa di questa frase fu querelato da Silvio Berlusconi per calunnia con la richiesta di risarcimento per 15 milioni di euro. Fassino rinunciò all'immunità parlamentare per affrontare il procedimento per calunnia, da cui fu prosciolto il 30 gennaio 2004, e sfidò l'allora presidente del consiglio, Berlusconi, a fare lo stesso e ad affrontare i suoi processi. Il 2 gennaio 2006 il quotidiano Il Giornale ha pubblicato stralci di una telefonata (pervenuti in seguito a una violazione del segreto d'ufficio, pratica comune a tutte queste pubblicazioni) fra Fassino e Giovanni Consorte, manager della Unipol e all'epoca coinvolto nello scandalo di Bancopoli. Fassino chiedeva a Consorte: "Abbiamo una banca?". Tale pubblicazione ha dato luogo ad un largo seguito di polemiche. Il partito dei Ds si è diviso tra chi gridava al complotto e tra chi chiedeva chiarezza, mentre il centrodestra ha rimarcato la fine della superiorità morale del partito della Quercia, colpevole di aver dato «copertura politica» alla scalata di Unipol nei confronti della Banca Nazionale del Lavoro, intanto un'indagine della magistratura ha escluso il segretario dei DS da responsabilità penali riguardo la vicenda.